Entsprechend wichtig ist bei einer Burnout-Diagnose, die Symptome, Zeit- und Verlaufskriterien differenziert abzuklären und andere mögliche Erkrankungen (wie z.B. eine Erschöpfungsdepression oder körperliche Erkrankungen wie Stoffwechsel- oder Hormonstörungen, Infektionen) auszuschliessen. Da es aber kein einheitliches theoretisches Konzept für das Burnout-Syndrom gibt, existieren auch keine objektiven Diagnosekriterien, sondern lediglich verschieden populäre Messinstrumente in Form von Fragebögen, die vom Betroffenen auszufüllen sind.

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Der in wissenschaftlichen Untersuchungen am häufigsten verwendete Fragebogen ist das Maslach-Burnout-Inventory, MBI abgekürzt. Es besteht aus 22 Items auf einer siebenstufigen Antwortskala, die insgesamt drei Dimensionen von Burnout erfassen. Dieses Messinstrument ist trotz seiner wissenschaftlichen und praktischen Popularität nicht unumstritten; kritisiert wird vor allem die mangelnde Konstruktvalidität (d.h. es gibt grosse Überschneidungen mit Messinstrumenten für Arbeitszufriedenheit, Stress, Emotionalität als Persönlichkeitseigenschaft und depressiven Verstimmungen), die mangelnde Berücksichtigung weiterer relevanter Burnout-Merkmale und der zu enge Bezug auf 'helfende Berufe'. Ferner liegen Auswertungsprobleme des Tests vor, und es gibt keine aussagekräftigen Normwerte, d.h. es ist unklar, ab welchem Ausprägungsgrad von einem Burnout gesprochen werden kann.

Alternative, aber deutlich seltener verwendete wissenschaftliche Messinstrumente sind z.B. das OLBI (Oldenburg Burnout Inventar) von Demerouti (1999), das HBI (Hamburger Burnout Inventar) von Burisch (2005), das CBI (Copenhagen Burnout Inventory) von Kristensen et al. (2005) oder die Überdrussskala (Tedium Measure) von Aronson, Pines und Kafry (1981). Ferner gibt es spezielle Burnout-Messinstrumente für bestimmte Berufsgruppen, z.B. das TBS (Teacher Burnout Scale) für Lehrer. Allen Messinstrumenten liegen spezifische Vorteile und Schwächen zugrunde, aufgrund derer keines der Instrumente eine wissenschaftlich begründbare Vorreiterstellung hinsichtlich seiner Angemessenheit oder Gültigkeit geniesst. Ungeachtet der unklaren Diagnosekriterien erkennen Gerichte das Burnout-Syndrom mittlerweile als Erkrankung an, um beispielsweise eine Berufsunfähigkeitsversicherung in Anspruch zu nehmen (so beispielsweise das Landgericht München in einem Musterurteil von 2006, Aktenzeichen 25 O 19798/03.